一是以资金为主线，关注专项资金使用绩效。主要关注项目所涉及的资金到位情况，了解资金拨付率、配套资金到位率和项目完成总投资情况；关注资金分布及投向的合理性；关注资金带动社会资金的投入情况，分析财政资金的引导作用；关注资金管理使用的合法合规性，从多方面多角度审查资金使用效益的发挥情况。
    二是以项目为抓手，关注防治重大安全隐患。揭示影响水环境安全、破坏生态环境、威胁人民群众健康的重大问题。关注破坏敏感生态区、饮用水源地、涉水生态保护区等水环境问题；关注高污染企业是否存在违规超标排放、偷排偷放问题；关注危险化学品生产和仓储企业是否存在应急处置不到位、存在风险隐患问题；关注污水处理厂污泥、垃圾焚烧余灰、医疗化工废弃物等处置过程中的二次污染等问题。
    三是以落实部门责任为目标，关注部门管理绩效。水污染治理项目申报、审批、建设、管理等工作涉及多个部门，审计重点关注这些部门的履职情况，及时发现管理漏洞，确保项目建设程序规范，管理手段科学，运行维护正常。